SMA Swasta Santu Xaverius Gunungsitoli adalah salah satu SMA yang dikelola oleh Yayasan Budi Bakti Keuskupan Sibolga. SMA Swasta Santu Xaverius Gunungsitoli didirikan sebagai salah satu karya nyata Gereja dalam dunia pendidikan.

SMA Swasta Santu Xaverius didirikan dan mulai menerima peserta didik baru pada tahun 1984. Didedikasikan di bawah perlindungan seorang Santo bernama Santu Fransiskus Xaverius.

Fransiskus Xaverius adalah seorang yang digelari kudus dalam Gereja katolik pada tahun 1662 oleh Paus Gregorius XV; dan oleh Paus Pius X, -karena teladan hidupnya,- diangkat menjadi pelindung utama misi. Sebagai seorang pendekar misi, beliau sangat giat mendirikan sekolah-sekolah dan dengan semangat yang sangat heroik mewartakan Injil kepada bangsa-bangsa Asia, termasuk Indonesia. Maka menurut namanya, sekolah ini dinamai SMA Xaverius, dengan harapan bahwa semangat dan jiwa Santu Fransiskus Xaverius dihayati dan dihidupi oleh SMA Xaverius dan seluruh warganya dalam menjalankan visi dan misi.

Halang rintang telah dilalui, masa depan gemilang nan jaya dijelang. Dalam usia yang tidak tergolong muda SMA Swasta Santu Xaverius telah melahirkan tokoh-tokoh baik di tingkat daerah maupun di tingkat nasional. Hingga kini SMA Xaverius senantiasa berkomitmen untuk tetap berusaha dan memberikan layanan pendidikan yang bermutu untuk wewujudkan lulusan yang berkualitas dan berkarakter.