• SMA Swasta Santu Xaverius Gunungsitoli masih mempertahankan enam hari sekolah sehingga di sore hari siswa mengikuti kegiatan ekstrakurikuler sesuai dengan bakat dan keinginan peserta didik.
  Setiap siswa wajib mengambil minimal 2 (dua) kegiatan ekstrakurikuler dan maksimal 5 (lima) kegiatan ekstrakurikuler. Kegiatan ekstrakurikuler tersebut adalah :
• RuperXav adalah singkatan dari Rubrik Pelajar Xaverius. Ekstrakurikuler ini merupakan tempat untuk melatih dan mengasah kecerdasan spiritual-emosional, mempelajari lebih mendalam tentang ilmu agama dan mempraktikkannya. Setiap anggota diharapkan dapat menjadi terang dan garam bagi orang lain, karena ilmu pengetahuan tanpa agama sama dengan buta dan agama tanpa pengetahuan sama dengan lumpuh (Albert Einstein).
  
  
• Pramuka adalah ekstrakuriler yang bertujuan membina mental para anggotanya, agar menjadi pribadi yang disiplin, jujur dan bertanggungjawab. Kepramukaan ditujukan kepada pendidikan jasmani dan juga rohani yang disampaikan secara menyenangkan lewat berbagai kegiatan dengan menggunakan metode-metode kepramukaan.
  
  
• Paduan suara adalah kegiatan ekstrakurikuler yang dikhususkan bagi siswa-siswa yang berbakat dalam seni tarik suara. Dibimbing oleh guru profesional dan telah menjurai berbagai lomba dan memeriahkan beberapa kegiatan nasional.
  
  
• Sanggar Magai merupakan ekstrakurikuler yang dikhususkan bagi siswa-siswa yang berbakat dan tertarik untuk mengembangkan budaya dan kearifan lokal, khususnya budaya Nias. Dalam sanggar bakat-bakat diasah dan dikembangkan dengan pendampingan guru yang telah berpengalaman. Sanggar Magai telah tampil dan diundang diberbagai kegiatan tingkat daerah dan nasional.
  
  
• Band adalah ekstrakurikuler yang dikhususkan bagi mereka yang menyukai music modern, khususnya band. Dalam ekstrakurikuler ini para siswa didampingi dan dibimbing sehingga dengan keterampilan yang dimiliki dapat menjadi modal untuk hidupnya kelak. Dibimbing oleh guru yang profesional dan telah berpengalaman.
  
  
• Paskas adalah singkatan dari Pasukan Pengibar Bendera Sekolah. Kegiatan Paskas senantiasa bermuara pada pembentukan kepribadian yang disiplin, bertanggungjawab dan cinta tanah air. Anggota Paskibraka biasanya dipilih dari anggota paskas ini, dan setiap tahun anggota Paskas lulus seleksi Pasukan Bendera Kab/Kota bahkan ke tingkat Provinsi.
  
  
• Marching Band adalah ekstrakurikuler yang menampung lebih banyak siswa-siswa yang berbakat musik, tari dan koreografi. Telah memeriahkan berbagai acara, baik acara pihak sekolah sendiri maupun acara yang diselenggarakan oleh pemerintah dan badan-badan swasta.
  
  Xaport adalah singkatan dari Xaverius Sport, tempat dimana siswa-siswa berbakat berbagai bidang olehraga mengembangkan bakatnya. Xaport sendiri terdiri dari bidang Volley Ball, Futsal, Badminton, Tenis Meja, dan Bola Basket. Dibimbing oleh para guru profesional dan berpengalaman.
  Xave IT adalah singkatan dari Xaverius Informatika dan Komunikasi. Ekstrakurikuler ini merupakan tempat bagi para siswa yang berminat dalam dunia fotografi, pembuatan film dan penguasaan IT, karena penguasaan IT merupakan standar kecakapan hidup di dunia serba digital. Didimbing oleh Guru yang profesional dan berpengalaman. 
• Pencak Silat Merpati Putih adalah tempat untuk membina kepribadian para anggotanya, sehingga seimbang antara kecerdasan intelektual dan kecerdasan emosional-spiritual. Menyalurkan agresifitas, menyehatkan badan dan mengurasi keterlibatan dalam dunia kenakanalan remaja.
• Patroli Keamanan Sekolah (PKS). Ekstrakurikuler ini dibina langsung oleh Anggota Satlantas Polres Nias. Para anggota PKS diajar dan dilatih mengenali dan mengatur lalu lintas. Sangat cocok untuk peserta didik yang bercita-cita jadi anggota Polri. Untuk melatih mereka setiap hari mereka membantu mengatur lalu lintas di dekat sekolah di bawah pengawas para polisi lalu lintas.
  
  
• Engish Club is school’s programme for students who those are interested in English. But school have noticed the necessity that some student are not able to speak English well they can join in it. Xaverius senior high school provides two classes. They are active class and passive class. The active class is a programme which is addressed for the students who can talk English very well. They will discuss issues, topics or anything else that they are recent updates news. Meanwhile for passive class all the students can study can study English in general how they know more about English in a simple way. So this best is one the activity extracurricular that the students can chose after school.
• Klub Matematika
  Klub pelajaran matematika diperuntukkan bagi para peserta didik yang memiliki minat lebih untuk pelajaran matematika. Mereka akan dibimbing oleh guru matematika dan dilatih untuk mengerjakan berbagai bentuk soal. Biasanya peseta olimpiade matematika diambil dari kelompok ini.
  
  
• Palang Merah Remaja (PMR) adalah wadah pembinaan dan pengembangan anggota remaja Palang Merah Indonesia. Kegiatan PMR berkisar tentang kegiatan-kegiatan kemanusiaan di bidang kesehatan dan siaga bencana, mempromosikan prinsip-prinsip dasar gerakan palang merah. Di bombing oleh para guru dan didampingi oleh anggota Palang Merah Indonesia Kota Gunungsitoli.

SMA Swasta Santu Xaverius tetap lebih mengedepankan pendidikan karakter tanpa mengesampingkan pendidikan yang sifatnya akademis. Dalam mewujudkan Visi dan Misinya SMA Swasta Santu Xaverius Gunungsitoli memegang teguh prinsip moral dan ajaran Gereja Katolik.

Sebagai sekolah yang mendasarkan segala kegiatannya pada ajaran kristiani SMA Xaverius malaksanakan ibadat singkat pagi dengan doa dan bacaan Kitab Suci, doa Malaikat Tuhan (Angelus Domini) pada pukul 12.00 dan ibadat siang pada waktu pulang. Ibadat dilaksanakan secara serentak sesudah bel masuk pada pukul 07.15 WIB.

Sebelum doa bersama dengan para siswa bapak/ibu guru dan seluruh pegawai pada pukul 7.10 WIB melaksanakan doa secara tersendiri di kantor guru, sehingga pada saat ibadat bersama siswa bapak/ibu guru sudah memasuki ruang kelas dan ibadat bersama siswa lagi.

Setiap hari 15 menit sebelum pelajaran pertama dimulai para siswa wajib membaca sesuai dengan program pemerintah Gerakan Literasi Sekolah.

Selain itu untuk membiasakan penggunaan Bahasa Inggris maka pada setiap hari Rabu ada program English Day yang mewajibkan seluruh warga sekolah menggunakan bahasa Inggris untuk berkomunikasi.

Di bidang kebersihan lingkungan ada motto warga Xaverius yaitu LISA (Lihat Sampah Ambil). Pada hari-hari tertentu warga sekolah melaksanakan kerja bakti membersihkan sekolah dan lingkungan sekitar.

Untuk dapat berjalan dengan baik seluruh aktifitas di SMA Xaverius, maka SMA Xaverius telah memiliki Standar Operasional Prosedur (SOP), Peraturan Akademik serta Tata Tertib Siswa.